阴沟肠杆菌是一种具有严重耐药性的病原体，存在ESBLs和Amp C酶问题，对多种抗生素敏感性较低。针对这一病原体，治疗时必须根据药敏试验和耐药机制检测报告选择药物，避免滥用抗生素。
对于阴沟肠杆菌产生的ESBLs，首选碳青霉烯类抗生素，如亚胺培南等。复合制剂如头孢哌酮/舒巴坦、沙拉西林/三唑巴坦钠和头霉素抗生素也是不错的选择，但剂量需要增加。喹诺酮类抗生素的选择则应根据当地药物敏感性进行。如果阴沟肠杆菌产生Amp C酶，可选择亚胺培南、第四代头孢菌素等碳青霉烯抗生素。当阴沟肠杆菌同时产生上述两种酶时，应更加严格地选择碳青霉烯类抗生素进行治疗。需要注意的是，第三代头孢菌素不建议用于阴沟肠杆菌感染，因为它容易筛选出高产Amp C抗菌菌落突变，导致耐药菌流行。
除了针对病原体的治疗，对症治疗也是非常重要的。患者需卧床休息，加强营养，补充适量维生素。口腔护理也很重要。保持水、电解质和酸碱平衡，密切监测心脏、肺、肾功能等。在必要时，应给予输血、血浆、人血白蛋白和人血球蛋白等支持治疗，并积极治疗原发病。对于严重创伤、烧伤等基本疾病，及时、正确地采取有效措施有助于保护和改善患者的免疫状态。对于肿瘤或白血病患者，在放疗或化疗的同时加强支持治疗，适当使用免疫增强剂，有助于提高免疫功能，减少阴沟肠杆菌内源性感染的机会。
预后方面，如果早期合理选择敏感抗菌药物治疗，预后一般良好。如果基础疾病或免疫力低下，死亡率可能会达到21％～71％，提示阴沟肠杆菌感染者预后较差。对于阴沟肠杆菌感染，我们需要及早发现、合理治疗，以期获得良好的预后。
在治疗过程中，还需要预防和治疗各种并发症和并发症。保持患者情绪稳定，对于高烧患者给予物理冷却，易怒者给予镇静剂。对于中毒症状严重、感染性休克和DIC的患者，在有效的抗菌药物治疗的可以给予短期治疗（3～5天）的肾上腺皮质激素治疗。